Tu utilises quoi pour avoir de la vrai transparence sous gnome ?
J'aurai bien dit compiz mais je ne le vois pas lancé.
Sinon, mets tes thèmes que si d'autres sont intéressés, ils puissent faire pareil ;)

Pour la transparence, j'ai activé l'option composite de metacity:

gconftool-2 -s -t boolean ...

Hop ! Après une installation toute fraîche..