[Rstudio] : hyper instable (résolu)

Mise à jour / Création /debug de paquetages
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Thomasb
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[Rstudio] : hyper instable (résolu)

Message par Thomasb » sam. 27 juil. 2019, 17:34

Salut,

Après avoir essayé rstudio-desktop-bin, j'ai installé rstudio-desktop-preview-bin mais les deux sont extrêmement instables !

(Au passage, impossible d'installer rstudio-desktop-git ou rstudio-desktop... Un problème de rhash : "Failed to commit transaction (invalid or corrupted package)" error
Seulement, il n'y a aucun *.part dans mon /var/cache/pacman/pkg/ comme suggéré dans le wiki...)
Dernière modification par Thomasb le dim. 04 août 2019, 15:53, modifié 1 fois.

hopimet
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Re: [Rstudio] : hyper instable

Message par hopimet » sam. 27 juil. 2019, 18:23

Salut,

Pas de problème de mon côté avec rstudio-desktop-bin. Cela dit j'ai modifié le PKGBUILD pour utiliser la version de bionic (ubuntu18) depuis le site de rstudio, plutôt que celle de xenial (ubuntu16).

Ci-dessous le PKGBUILD modifié.

Code : Tout sélectionner

# Maintainer: Meow < leon.tty1 at gmail dot com >

# Get download links and md5 sums for latest version of RStudio desktop
## R code #############
#
#  require(XML)
#  page = htmlTreeParse("http://www.rstudio.com/products/rstudio/download/",useInternalNodes = T)
#  links = sapply(getNodeSet(page,'//table[@class="downloads"]/thead/tr/th[text()="Installers"]/../../..//a[contains(@href,".deb")]'),xmlGetAttr,'href')
#  md5sums = sapply(getNodeSet(page,'//table[@class="downloads"]/thead/tr/th[text()="Installers"]/../../..//a[contains(@href,".deb")]/../..//code'),xmlValue)
#  print(cbind(links,md5sums))
#
#######################

pkgname=rstudio-desktop-bin
pkgver=1.2.1335
pkgrel=1
pkgdesc="A new integrated development environment (IDE) for R (binary version from RStudio official website)"
arch=('i686' 'x86_64')
license=('GPL')
url="http://www.rstudio.org/"
depends=('r' 'gstreamer' 'gst-plugins-base' 'hicolor-icon-theme' 'libxcomposite' 'libxslt' 'shared-mime-info' 'libxrandr' 'pandoc' 'pandoc-citeproc')

conflicts=('rstudio-desktop' 'rstudio-desktop-git' 'rstudio-desktop-preview-bin')
provides=("rstudio-desktop=${pkgver}")
options=(!strip)

_x86md5=21ca14bffcdc1a2361ead2d763d0313d
_x64md5=71a8d1990c0d97939804b46cfb0aea75

case "$CARCH" in
	'i686')
		_arch=i386
    _archx=
		md5sums=($_x86md5)
		;;
	'x86_64')
		_arch=amd64
    _archx=64
		md5sums=($_x64md5)
		;;
esac    
source=("https://download1.rstudio.org/desktop/bionic/amd64/rstudio-${pkgver}-${_arch}.deb")

install="$pkgname".install

package() {

	shopt -s extglob

  msg "Converting debian package..."

  cd "$srcdir"
  tar xpf data.tar.xz -C "$pkgdir"
  install -dm755 "$pkgdir/usr/bin"

  cd "$pkgdir/usr/lib/rstudio/bin/pandoc"
  ln -sf /usr/bin/pandoc ./
  ln -sf /usr/bin/pandoc-citeproc ./

  find "$pkgdir/usr" -type d -print0 | xargs -0 chmod 755
  find "$pkgdir/usr" -type f -name '*.so.*' -print0 | xargs -0 chmod 644

  cd "$pkgdir/usr/bin"
 
  echo '#!/bin/sh
export QT_DIR=/usr/lib/rstudio/bin
export QT_PLUGIN_PATH=$QT_DIR/plugins
export QT_QPA_PLATFORM_PLUGIN_PATH=$QT_PLUGIN_PATH/platforms
export KDEDIRS=/usr
exec /usr/lib/rstudio/bin/rstudio "$@"
' > "$pkgdir/usr/bin/rstudio-bin"
  chmod 755 "$pkgdir/usr/bin/rstudio-bin"

  sed -i 's|/usr/lib/rstudio/bin/rstudio|/usr/bin/rstudio-bin|' "$pkgdir/usr/share/applications/rstudio.desktop"
}

Thomasb
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Re: [Rstudio] : hyper instable

Message par Thomasb » sam. 27 juil. 2019, 21:14

Segmentation fault (core dumped)

Ce doit être moi qui le pousse un peu trop fort, mais il ne me semble pas : typiquement, les recherches dans l'aide le font très vite planter.

Plus probablement, j'ai dû louper une étape quelque part sans lien avec ce logiciel et les bibliothèques qu'utilisent Rstudio ne sont pas adaptées.

Tant que j'y suis à te déranger, est-ce que tu peux me confirmer que :
  • pour supprimer rstudio-desktop-bin, il faut taper : pacman -Rcsn rstudio-bin ?
  • pour le réinstaller proprement, il faut supprimer le clone git puis recloner le dépôt ?
  • pour les mises à jour, pacman s'en occupe avec la commande pacman -Syu ?
[édit] un autre plantage directement au lancement donne ces lignes :

Code : Tout sélectionner

$ rstudio-bin 
rstudio: ../libdrm-2.4.99/nouveau/pushbuf.c:723: nouveau_pushbuf_data: Assertion `kref' failed.
Received signal 6
#0 0x7f783abaca4f <unknown>
#1 0x7f783abace4b <unknown>
#2 0x7f783abad4ce <unknown>
#3 0x7f7835fecd00 <unknown>
#4 0x7f7835570755 __GI_raise
#5 0x7f783555b851 __GI_abort
#6 0x7f783555b727 __assert_fail_base.cold
#7 0x7f7835569026 __GI___assert_fail
#8 0x7f7824cd6e40 nouveau_pushbuf_data
#9 0x7f7824cd6da3 nouveau_pushbuf_data
#10 0x7f7824cd6ebd <unknown>
#11 0x7f7824cd7a8f <unknown>
#12 0x7f7824cd89b0 nouveau_pushbuf_kick
#13 0x7f782975e9e9 <unknown>
#14 0x7f78299958d0 <unknown>
#15 0x7f78294bbb9e <unknown>
#16 0x7f782aac22a2 <unknown>
#17 0x7f782ab21e52 QGLXContext::swapBuffers()
#18 0x7f7836971eac QOpenGLContext::swapBuffers()
#19 0x7f7836be7a8d QPlatformBackingStore::composeAndFlush()
#20 0x7f7830fa5aff QXcbBackingStore::composeAndFlush()
#21 0x7f78371d83b4 QWidgetBackingStore::qt_flush()
#22 0x7f78371d996e QWidgetBackingStore::flush()
#23 0x7f78371dadee QWidgetBackingStore::doSync()
#24 0x7f78371db730 QWidgetBackingStore::sync()
#25 0x7f78371f2a0f QWidgetPrivate::syncBackingStore()
#26 0x7f7837209930 QWidget::event()
#27 0x7f783730baa1 QMainWindow::event()
#28 0x7f78371cbb3c QApplicationPrivate::notify_helper()
#29 0x7f78371d2d30 QApplication::notify()
#30 0x7f7836292e28 QCoreApplication::notifyInternal2()
#31 0x7f7836295857 QCoreApplicationPrivate::sendPostedEvents()
#32 0x7f78362eabb3 postEventSourceDispatch()
#33 0x7f7831feecf4 g_main_context_dispatch
#34 0x7f7831ff0b11 <unknown>
#35 0x7f7831ff0b51 g_main_context_iteration
#36 0x7f78362ea1ef QEventDispatcherGlib::processEvents()
#37 0x7f783629178a QEventLoop::exec()
#38 0x7f783629a190 QCoreApplication::exec()
#39 0x55581c77684f main
#40 0x7f783555cee3 __libc_start_main
#41 0x55581c779b8a _start
  r8: 0000000000000000  r9: 00007ffe3667ca60 r10: 0000000000000008 r11: 0000000000000246
 r12: 00007f7824cda000 r13: 00000000000002d3 r14: 00007f7824cda171 r15: 0000000000000000
  di: 0000000000000002  si: 00007ffe3667ca60  bp: 00007f78356c06c8  bx: 00007f782aaff000
  dx: 0000000000000000  ax: 0000000000000000  cx: 00007f7835570755  sp: 00007ffe3667ca60
  ip: 00007f7835570755 efl: 0000000000000246 cgf: 002b000000000033 erf: 0000000000000000
 trp: 0000000000000000 msk: 0000000000000000 cr2: 0000000000000000
[end of stack trace]
Calling _exit(1). Core file will not be generated.

hopimet
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Re: [Rstudio] : hyper instable

Message par hopimet » dim. 28 juil. 2019, 08:35

Thomasb a écrit :
sam. 27 juil. 2019, 21:14
Tant que j'y suis à te déranger, est-ce que tu peux me confirmer que :
  • pour supprimer rstudio-desktop-bin, il faut taper : pacman -Rcsn rstudio-bin ?
  • pour le réinstaller proprement, il faut supprimer le clone git puis recloner le dépôt ?
  • pour les mises à jour, pacman s'en occupe avec la commande pacman -Syu ?
Pour supprimer sudo pacman -Rsn suffira.
Pour le réinstaller proprement, tu récupères le snapshot ici : https://aur.archlinux.org/cgit/aur.git/ ... bin.tar.gz
Ensuite tu le décompresse dans un nouveau dossier vierge et tu remplaces le PKGBUILD par celui que je t'ai donné. Tu te places en console dans le dossier et tu lances : makepkg -s. Ensuite tu pourras installer le paquet nouvellement créé avec :
sudo pacman -U rstudio-desktop-bin-1.2.1335-1-x86_64.pkg (on pourrait faire tout en une fois avec makepkg -si).
Pour les mises à jour ce ne peut pas être pacman directement puisque le paquet vient d'AUR. Il faudra refaire la même procédure (sans désinstaller) en adaptant le PKGBUILD à la nouvelle version (c'est assez simple).

Thomasb
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Re: [Rstudio] : hyper instable

Message par Thomasb » lun. 29 juil. 2019, 23:40

Pareil :

Code : Tout sélectionner

$ rstudio-bin 
Received signal 11 SEGV_MAPERR 000000000008
#0 0x7f9ab48c7a4f <unknown>
#1 0x7f9ab48c7e4b <unknown>
#2 0x7f9ab48c84ce <unknown>
#3 0x7f9aafd07d00 <unknown>
#4 0x7f9aa82e5cac <unknown>
#5 0x7f9aa82e6831 <unknown>
#6 0x7f9aa310b8e1 <unknown>
#7 0x7f9aa337b1bf <unknown>
#8 0x7f9aa333b7b7 <unknown>
#9 0x7f9aa333e1ca <unknown>
#10 0x7f9aa3341875 <unknown>
#11 0x7f9ab741b717 <unknown>
#12 0x7f9ab559a6c2 <unknown>
#13 0x7f9ab559a7b9 <unknown>
#14 0x7f9ab559aa8b <unknown>
#15 0x7f9ab55abb99 <unknown>
#16 0x7f9ab7468263 <unknown>
#17 0x7f9ab746ffc3 <unknown>
#18 0x7f9ab7473ae2 <unknown>
#19 0x7f9ab73fec8a <unknown>
#20 0x7f9ab74799b3 <unknown>
#21 0x7f9ab7479a57 <unknown>
#22 0x7f9ab746c9b6 <unknown>
#23 0x7f9ab482a3d7 <unknown>
#24 0x7f9ab4850cf7 <unknown>
#25 0x7f9ab485135d <unknown>
#26 0x7f9ab485162a <unknown>
#27 0x7f9ab484ac92 <unknown>
#28 0x7f9ab486b02f <unknown>
#29 0x7f9ab48a1684 <unknown>
#30 0x7f9ab48d4a10 <unknown>
#31 0x7f9aafcfd57f start_thread
#32 0x7f9aaf34d0e3 __GI___clone
  r8: 0000000000000078  r9: 0000560d33778230 r10: 0000000000040000 r11: 0000560d337757e0
 r12: 0000000000000000 r13: 0000560d33775dc0 r14: 0000560d33774400 r15: 0000560d337781b0
  di: 0000560d33775dc0  si: 0000000000000000  bp: 0000000000000000  bx: 0000000000000000
  dx: 0000000000000000  ax: 0000000000000002  cx: 0000000000000000  sp: 00007f9a777fc970
  ip: 00007f9aa82e5cac efl: 0000000000010246 cgf: 002b000000000033 erf: 0000000000000004
 trp: 000000000000000e msk: 0000000000000000 cr2: 0000000000000008
[end of stack trace]
Calling _exit(1). Core file will not be generated.
Mais :

Code : Tout sélectionner

# NOTE: If you are experiencing segmentation fault, delete the ".rstudio-desktop" folder from your home directory then restart the program should fix the issue.
dans le PKGBUILD d'origne (j'essaierai demain)...

laurent85
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Re: [Rstudio] : hyper instable

Message par laurent85 » mar. 30 juil. 2019, 09:43

Bonjour,
Thomasb a écrit :
sam. 27 juil. 2019, 21:14
[édit] un autre plantage directement au lancement donne ces lignes :

Code : Tout sélectionner

$ rstudio-bin 
rstudio: ../libdrm-2.4.99/nouveau/pushbuf.c:723: nouveau_pushbuf_data: Assertion `kref' failed.
Ce message c'est le pilote graphique nouveau qui a planté, pas rstudio. Mais c'est peut-être pas le seul problème des plantages de rstudio.

hopimet
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Re: [Rstudio] : hyper instable

Message par hopimet » mar. 30 juil. 2019, 12:10

@laurent85,

Il n'y a plus ce message après installation avec la version que j'ai indiquée. Pas sûr que la segmentation fault vienne de nouveau du coup.

En premier lieu, j'essaierais, comme proposé, d'effacer .rstudio-desktop et de relancer pour voir.

Thomasb
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Re: [Rstudio] : hyper instable

Message par Thomasb » jeu. 01 août 2019, 21:07

hopimet a écrit :
mar. 30 juil. 2019, 12:10
En premier lieu, j'essaierais, comme proposé, d'effacer .rstudio-desktop et de relancer pour voir.
So far so good, ouf... (La résidence universitaire remet les connexions Internet à zéro fin juillet, désolé pour le retard.)

hopimet
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Re: [Rstudio] : hyper instable

Message par hopimet » sam. 03 août 2019, 07:36

Ça fonctionne correctement ? Si c'est le cas un petit RÉSOLU dans ton titre ?

Thomasb
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Re: [Rstudio] : hyper instable

Message par Thomasb » dim. 04 août 2019, 16:00

C'est fait ! Pour le moment, Rstudio ne plante plus importunément... Au pire, je pourrai resupprimer le répertoire .rstudio-desktop si jamais je le pousse un peu trop et qu'il regénère des 'segmentation fault'.

hopimet a écrit :
dim. 28 juil. 2019, 08:35
Pour les mises à jour ce ne peut pas être pacman directement puisque le paquet vient d'AUR. Il faudra refaire la même procédure (sans désinstaller) en adaptant le PKGBUILD à la nouvelle version (c'est assez simple).
À propos, comment est-ce que tu mets Rstudio à jour avec le PKGBUILD ?

hopimet
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Re: [Rstudio] : hyper instable (résolu)

Message par hopimet » dim. 04 août 2019, 21:16

Tu corriges la version du paquet (variable pkgver) et la variable _x64md5 du PKGBUILD puis tu lances makepkg -s comme je te l'ai indiqué plus haut.

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