[R] bibliothèque quantreg - dépendances (résolu)
[R] bibliothèque quantreg - dépendances (résolu)
Bonjour,
Il me faudrait quantreg, mais les dépendances r-matrixmodels et rsparsem semblent ne pas exister : https://aur.archlinux.org/packages/r-sparsem/
Il me faudrait quantreg, mais les dépendances r-matrixmodels et rsparsem semblent ne pas exister : https://aur.archlinux.org/packages/r-sparsem/
Dernière modification par Thomasb le dim. 12 mai 2019, 16:10, modifié 1 fois.
Re: [R] : bibliothèque quantreg - dépendances
Bonjour,
Tu peux toujours installer les dépendances manuellement et modifier le PKGBUILD dans ce sens. Tu sais comment faire ?
Edition:
Le PKGBUILD n'a pas que les dépendances manquantes, la version des sources téléchargées n'existe plus.
Ce sont des bibliothèques, le plus simple est encore de les installer manuellement, quantreg compris.
Tu peux toujours installer les dépendances manuellement et modifier le PKGBUILD dans ce sens. Tu sais comment faire ?
Edition:
Le PKGBUILD n'a pas que les dépendances manquantes, la version des sources téléchargées n'existe plus.
Ce sont des bibliothèques, le plus simple est encore de les installer manuellement, quantreg compris.
Code : Tout sélectionner
sudo pacman --needed -S r base-devel gcc-fortran
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/SparseM_1.77.tar.gz
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/MatrixModels_0.4-1.tar.gz
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/quantreg_5.38.tar.gz
sudo R CMD INSTALL SparseM_1.77.tar.gz
sudo R CMD INSTALL MatrixModels_0.4-1.tar.gz
sudo R CMD INSTALL quantreg_5.38.tar.gz
ls /usr/lib/R/library
Re: [R] : bibliothèque quantreg - dépendances
Salut,
Pourquoi installer quantreg depuis AUR ?
Il suffit de lancer R en console, ou rstudio si tu utilises cet IDE (que je conseille vivement), et de faire :
C'est de cette façon que tous les paquets de r doivent être installé.
Pourquoi installer quantreg depuis AUR ?
Il suffit de lancer R en console, ou rstudio si tu utilises cet IDE (que je conseille vivement), et de faire :
Code : Tout sélectionner
install.packages("quantreg")
Re: [R] : bibliothèque quantreg - dépendances
Ça ne marchait pas
Ward Segers m'a répondu que c'est réglé : l'autre contributeur, Alex Branham, avait effacé son compte.
[Edit]: Alex Braham m'a répondu aussi, il pensait que les paquetages seraient 'orphaned' mais pas effacés.
Dernière modification par Thomasb le dim. 12 mai 2019, 09:48, modifié 3 fois.
Re: [R] : bibliothèque quantreg - dépendances
Qu'est ce qui ne marche pas avec install.packages ?
Tu peux donner les retours de la console r ?
J'ai quantreg installé sur mes différentes machines sans problème.
Tu peux donner les retours de la console r ?
J'ai quantreg installé sur mes différentes machines sans problème.
Re: [R] : bibliothèque quantreg - dépendances
Pas tout à fait, seulement pour les dépendances, r-quantreg d'AUR est toujours cassé. Les sources 5.36 ne sont plus sur le serveur. Il faut mettre à jour PKGBUILD à la version 5.38. Je l'ai signalé sur AUR.
Re: [R] : bibliothèque quantreg - dépendances
Le dernier message d'erreur :
Code : Tout sélectionner
ERROR: dependency ‘SparseM’ is not available for package ‘quantreg’
* removing ‘/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/quantreg’
Re: [R] : bibliothèque quantreg - dépendances
Il faudrait un peu plus de détails.
Manifestement c'est SparseM qui manque car quantreg n'arrive pas à l'installer en tant que dépendance. Il est possible quel SparseM ne compile pas car une dépendance sur le système manque pour son installation dans r, et c'est probablement
Peux tu donner le retour de
Et vérifier que gcc-fortran est bien installé sur ta machine. Sinon, en concole "linux" :
PS : pour tous les modules r que j'utilise, sur plusieurs machines, je n'ai jamais eu besoin de recourir à AUR. Quand tu as un soucis comme ça, c'est en général lié un problème de compilation (bien regarder l'intégralité du message d'erreur, avant les 2 dernières lignes indiquant que ça n'a pas marché, en général dans les 10-15 lignes plus haut tu as des précisions sur le problème) car quelque chose manque sur ton système, le plus souvent un compilateur ou un front-end.
Manifestement c'est SparseM qui manque car quantreg n'arrive pas à l'installer en tant que dépendance. Il est possible quel SparseM ne compile pas car une dépendance sur le système manque pour son installation dans r, et c'est probablement
gcc-fortran
qu'il faut d'abord installer (beaucoup de paquets de r en ont besoin).Peux tu donner le retour de
install.packages("SparseM")
?Et vérifier que gcc-fortran est bien installé sur ta machine. Sinon, en concole "linux" :
sudo pacman -S gcc-fortran
puis tu relances l'installation de quantreg en console "r".PS : pour tous les modules r que j'utilise, sur plusieurs machines, je n'ai jamais eu besoin de recourir à AUR. Quand tu as un soucis comme ça, c'est en général lié un problème de compilation (bien regarder l'intégralité du message d'erreur, avant les 2 dernières lignes indiquant que ça n'a pas marché, en général dans les 10-15 lignes plus haut tu as des précisions sur le problème) car quelque chose manque sur ton système, le plus souvent un compilateur ou un front-end.
Re: [R] : bibliothèque quantreg - dépendances
L'installation manuelle de Laurent a fonctionné, donc je n'ai plus de messages d'erreur.
Pour désinstaller les paquetages il faut faire :
Code : Tout sélectionner
sudo R CMD UNINSTALL SparseM_1.77.tar.gz
sudo R CMD UNINSTALL MatrixModels_0.4-1.tar.gz
sudo R CMD UNINSTALL quantreg_5.38.tar.gz
Re: [R] : bibliothèque quantreg - dépendances
Dommage que tu ne répondes pas à mes questions.
Cette méthode d'installation n'est pas orthodoxe. Il est préférable d'utiliser les dépôt r-cran en passant directement les commandes d'installation depuis la console de r.
Et pour désinstaller il vaut mieux faire (toujours depuis la console de r) : remove.packages() (en précisant les paquets à retirer).
Pour mettre à jour les modules : update.packages()
Cette méthode évite à l'avenir le genre de problème que tu as rencontré avec de PKGBUILD d'AUR non à jour ou plus maintenus. De plus les dépôts officiel de r-cran sont plus sécurisés qu'un PKGBUILD. Enfin si un module n'est plus à jour cela peut bloquer l'installation d'autre modules qui en dépendent alors qu'avec install.packages et update.packages les mises à jours se feront seules.
Enfin, c'est toi qui voit...
Cette méthode d'installation n'est pas orthodoxe. Il est préférable d'utiliser les dépôt r-cran en passant directement les commandes d'installation depuis la console de r.
Et pour désinstaller il vaut mieux faire (toujours depuis la console de r) : remove.packages() (en précisant les paquets à retirer).
Pour mettre à jour les modules : update.packages()
Cette méthode évite à l'avenir le genre de problème que tu as rencontré avec de PKGBUILD d'AUR non à jour ou plus maintenus. De plus les dépôts officiel de r-cran sont plus sécurisés qu'un PKGBUILD. Enfin si un module n'est plus à jour cela peut bloquer l'installation d'autre modules qui en dépendent alors qu'avec install.packages et update.packages les mises à jours se feront seules.
Enfin, c'est toi qui voit...
Re: [R] : bibliothèque quantreg - dépendances
Ce n'est pas Windows :
Code : Tout sélectionner
> remove.packages("quantreg")
Removing package from ‘/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6’
(as ‘lib’ is unspecified)
Re: [R] : bibliothèque quantreg - dépendances
Quel rapport avec Windows ?
Re: [R] : bibliothèque quantreg - dépendances
Si ça peut servir à trouver la source du problème, je peux désinstaller les paquetages. Sous Windows, je ne suis pas sûr que j'aurais pris le risque.
Donc
Code : Tout sélectionner
sudo R CMD UNINSTALL SparseM_1.77.tar.gz
sudo R CMD UNINSTALL MatrixModels_0.4-1.tar.gz
sudo R CMD UNINSTALL quantreg_5.38.tar.gz
La désinstallation via la console R répond : "[...] (as 'lib' is unspecified)"
Re: [R] : bibliothèque quantreg - dépendances
Franchement je ne comprends pas ton histoire de "risque". Pour info je n'utilises pas Windows.
Je t'indique simplement la méthode officielle pour installer/désinstaller proprement des modules sous r. L'installation manuelle telle que tu l'as faite est beaucoup plus fastidieuse, gère mal les dépendances et ne vérifie pas si le module pourra être chargé par : library(module).
Le problème avec ta méthode c'est que tu risques d'avoir plusieurs versions installées du même paquet (donc potentiellement le b*rdel). Du coup r demande laquelle il faut désinstaller.
help(remove.packages) pour plus d'infos.
Ça fait longtemps que tu utilises r ?
Je t'indique simplement la méthode officielle pour installer/désinstaller proprement des modules sous r. L'installation manuelle telle que tu l'as faite est beaucoup plus fastidieuse, gère mal les dépendances et ne vérifie pas si le module pourra être chargé par : library(module).
Et ?
Le problème avec ta méthode c'est que tu risques d'avoir plusieurs versions installées du même paquet (donc potentiellement le b*rdel). Du coup r demande laquelle il faut désinstaller.
help(remove.packages) pour plus d'infos.
Ça fait longtemps que tu utilises r ?
Re: [R] : bibliothèque quantreg - dépendances
Bah oui. Désinstalle manuellement et fait ce que je t'ai dit plus haut.
Commence par vérifier si gcc-fortran est installé sur ton système (comme je te l'ai indiqué : sudo pacman -S gcc-fortran). Ensuite, sous r, tu installes SparseM comme demandé : install.packages("SparseM") et tu dis ce qui se passe.
Commence par vérifier si gcc-fortran est installé sur ton système (comme je te l'ai indiqué : sudo pacman -S gcc-fortran). Ensuite, sous r, tu installes SparseM comme demandé : install.packages("SparseM") et tu dis ce qui se passe.
Re: [R] : bibliothèque quantreg - dépendances
En fait, les commandes sont :
Code : Tout sélectionner
sudo R CMD REMOVE SparseM sudo R CMD REMOVE MatrixModels sudo R CMD REMOVE quantreg
Laurent me les avait fait installer :
Code : Tout sélectionner
sudo pacman -S gcc-fortran warning: gcc-fortran-8.3.0-1 is up to date -- reinstalling resolving dependencies... looking for conflicting packages... Packages (1) gcc-fortran-8.3.0-1 Total Installed Size: 27,08 MiB Net Upgrade Size: 0,00 MiB
Ce devait être gcc-fortran, il n'y a plus d'erreur :
Code : Tout sélectionner
Installing package into ‘/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6’ (as ‘lib’ is unspecified) --- Please select a CRAN mirror for use in this session --- trying URL 'https://cran.biotools.fr/src/contrib/SparseM_1.77.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 756317 bytes (738 KB) ================================================== downloaded 738 KB * installing *source* package ‘SparseM’ ... ** package ‘SparseM’ successfully unpacked and MD5 sums checked ** using staged installation ** libs gfortran -fpic -g -O2 -c bckslv.f -o bckslv.o gfortran -fpic -g -O2 -c chol.f -o chol.o gfortran -fpic -g -O2 -c chol2csr.f -o chol2csr.o gfortran -fpic -g -O2 -c cholesky.f -o cholesky.o gfortran -fpic -g -O2 -c csr.f -o csr.o gfortran -fpic -g -O2 -c extract.f -o extract.o gcc -I"/usr/include/R/" -DNDEBUG -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fpic -march=x86-64 -mtune=generic -O2 -pipe -fstack-protector-strong -fno-plt -c init.c -o init.o gfortran -fpic -g -O2 -c sparskit.f -o sparskit.o gfortran -fpic -g -O2 -c subscr.f -o subscr.o gcc -shared -L/usr/lib64/R/lib -Wl,-O1,--sort-common,--as-needed,-z,relro,-z,now -o SparseM.so bckslv.o chol.o chol2csr.o cholesky.o csr.o extract.o init.o sparskit.o subscr.o -lgfortran -lm -lquadmath -L/usr/lib64/R/lib -lR installing to /home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/00LOCK-SparseM/00new/SparseM/libs ** R ** data ** demo ** inst ** byte-compile and prepare package for lazy loading Creating a generic function for ‘diag’ from package ‘base’ in package ‘SparseM’ Creating a generic function for ‘diag<-’ from package ‘base’ in package ‘SparseM’ Creating a generic function for ‘norm’ from package ‘base’ in package ‘SparseM’ Creating a new generic function for ‘backsolve’ in package ‘SparseM’ Creating a generic function for ‘forwardsolve’ from package ‘base’ in package ‘SparseM’ Creating a generic function for ‘model.response’ from package ‘stats’ in package ‘SparseM’ ** help *** installing help indices ** building package indices ** installing vignettes ** testing if installed package can be loaded from temporary location ** checking absolute paths in shared objects and dynamic libraries ** testing if installed package can be loaded from final location ** testing if installed package keeps a record of temporary installation path * DONE (SparseM) The downloaded source packages are in ‘/tmp/Rtmpx4JWG4/downloaded_packages’
- L'installation de quantreg avec les dépendances a une erreur sur le paquetage 'rgl' :
Code : Tout sélectionner
* DONE (akima) * installing *source* package ‘rgl’ ... ** package ‘rgl’ successfully unpacked and MD5 sums checked ** using staged installation checking for gcc... gcc checking whether the C compiler works... yes checking for C compiler default output file name... a.out checking for suffix of executables... checking whether we are cross compiling... no checking for suffix of object files... o checking whether we are using the GNU C compiler... yes checking whether gcc accepts -g... yes checking for gcc option to accept ISO C89... none needed checking how to run the C preprocessor... gcc -E checking for gcc... (cached) gcc checking whether we are using the GNU C compiler... (cached) yes checking whether gcc accepts -g... (cached) yes checking for gcc option to accept ISO C89... (cached) none needed checking for libpng-config... yes configure: using libpng-config configure: using libpng dynamic linkage checking for X... libraries , headers checking GL/gl.h usability... yes checking GL/gl.h presence... yes checking for GL/gl.h... yes checking GL/glu.h usability... no checking GL/glu.h presence... no checking for GL/glu.h... no configure: error: missing required header GL/glu.h ERROR: configuration failed for package ‘rgl’ * removing ‘/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/rgl’ * installing *source* package ‘logspline’ ... (...) * DONE (quantreg) The downloaded source packages are in ‘/tmp/Rtmpx4JWG4/downloaded_packages’ Warning message: In install.packages("quantreg", dependencies = TRUE) : installation of package ‘rgl’ had non-zero exit status
mais le chargement de la bibliothèque marche :Code : Tout sélectionner
> library(quantreg) Loading required package: SparseM Attaching package: ‘SparseM’ The following object is masked from ‘package:base’: backsolve
Re: [R] : bibliothèque quantreg - dépendances
C'est mieux.
Pour rgl le message informatif est le suivant :
Puis tu relances, sous r, l'installation de rgl : install.packages("rgl")
Pour rgl le message informatif est le suivant :
Il semble qu'il ne trouve pas glu.h. Est-ce que glu est installé sur ton système : sudo pacman -S gluconfigure: error: missing required header GL/glu.h
Puis tu relances, sous r, l'installation de rgl : install.packages("rgl")
Re: [R] : bibliothèque quantreg - dépendances
Impeccable :
Code : Tout sélectionner
* DONE (quantreg)
The downloaded source packages are in
‘/tmp/RtmpqhOamy/downloaded_packages’
Re: [R] : bibliothèque quantreg - dépendances
Super !
Comme quoi il faut toujours lire attentivement les messages en console.
Tu peux passer ton titre en Résolu.
Et n'hésite pas si tu as besoin d'autres conseil pour r. Comme je t'avais dit au début, rstudio (dans AUR) est un excellent IDE pour utiliser r. Je te conseille de le tester.
Comme quoi il faut toujours lire attentivement les messages en console.
Tu peux passer ton titre en Résolu.
Et n'hésite pas si tu as besoin d'autres conseil pour r. Comme je t'avais dit au début, rstudio (dans AUR) est un excellent IDE pour utiliser r. Je te conseille de le tester.