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Tu n'as pas forcément besoin de virer gedit. Comme tout éditeur évolué, tu dois pouvoir lui spécifier l'encodage à utiliser (s'il est gentil, il doit même être capable de te le dire ).

Par contre c'est très bizarre que ce ne soit pas l'UTF8 par défaut...
Il doit pendre latin-9 mais pourquoi ? Je sais que Kate prend par défaut l'UTF8, mais on peux changer très facilement ce paramètre via un menu.
Le plus simple pour tester serait de créer un nouvel utilisateur et de regarder quel encodage par défaut est utilisé pour Gedit, sans ne toucher à aucune configuration.

Pure supposition (mais comme karhu en a glissé quelques mots): si son home est en partie récupéré depuis un vieux compte Ubuntu, c'est probable que la configuration de gedit date de l'époque latin1.

Non mon home est neuf, par contre un certain nombre d'outils maison proviennent de mes anciennes distributions (non pas de windows) Ubuntu.
J'ai essayé de modifier les préférences de gedit, rien ne concernant l'encodage, quand à la langue d'un nouveau document c'est : hébreu !!! et pas moyen de sélectionner une autre langue. J'utilisais gedit avant avec mon environnement Gnome (de même que kedit lorsque j'étais sous KDE), donc tout était plus ou moins homogène. Maintenant que je suis sous xfce je crois qu'il va me falloir rechercher d'autres outils, plus indépendants et configurables.
Tu as raison @Foolecho, à la suite d'un file -i sur tous les fichiers du répertoire, j'ai vraiment découvert de tout comme encodage !