L'argument principal de l'auteur est d'éviter de dupliquer les emplacements des bibliothèques et des binaires, c'est donc plus KISS dans la mesure... où tout est fourré au même endroit donc c'est plus facile à retrouver (mais évidemment on pourrait dire que c'est plus KISS de savoir précisément où se trouve tel ou tel truc). «Historiquement», c'est aussi parce qu'il fallait distinguer les éléments nécessaires à l'initramfs du reste utilisable une fois le système lancé (d'où la vision que tu as -- qu'on a tous je suppose -- des /boot, /bin etc.)... mais maintenant /usr est monté depuis l'initramfs, donc ça ne justifie plus vraiment d'être aussi rigide.
D'où le contre-argument du "pourquoi ne pas tout mettre à la racine tant qu'on y est ?" ... parce que ça fait moins le bazar quand même (faut quand même conserver la posssibilité d'avoir des partitions dédiées).
L'autre chose concerne la fusion de bin/sbin, car on colle de toutes manières dans le PATH des utilisateurs les deux (vu que les droits d'utilisation font la différence)... mais là, c'est un peu plus problématique à réaliser.
D'ailleurs Dan McGee a d'ailleurs fait remarquer que c'était se casser le c** (refaire les paquets) pour pas grand-chose (avis que je partage même si on s'en fout

). Il a complété plus loin en disant que c'était de toutes manières déplacer d'un mauvais emplacement à un autre, personne n'étant capable de dire avec certitude si telle ou telle chose devrait aller à tel ou tel endroit (avec exemples à l'appui: on peut effectivement avoir des binaires ou des fichiers de configuration qui se trimbalent dans lib

).
Je pourrais résumer la pensée de ce fil en disant: on bouge tout de /lib à /usr/lib parce qu'au final on peut et que ça ne change pas grand-chose si c'est bien fait (et vu qu'avec le lien symbolique, on s'épargne le casse-tête des applications qui cherchent dans /lib...).
Pour ce qui me concerne, à part réveiller les Archers lors de cette mise à jour sur le forum ainsi que les mainteneurs sur Aur, je suis assez d'accord avec toi, ça n'a guère d'intérêt, vu qu'au final, pour rester compatible avec d'autres distributions/applications, on conserve la même architecture via les liens symboliques (ceci étant, je fais du développement objet et pas du tout de système, donc «casser» ou refaire un truc et constater que tout fonctionne quand même me botte toujours... sauf que là, ils sont petits joueurs avec le lien symbolique ^^). Ah si tiens, comme beaucoup, j'ai pu virer des /lib/modules dont je ne soupçonnais même plus l'existence

.
Pour moi, ça ressemble au va-et-vient centralisation/décentralisation de l'état selon les époques. Il suffira de quelqu'un d'assez convaincant dans le futur pour rechanger ça.
Pour systemd, je ne peux rien te dire, je ne l'utilise pas non plus. Je pense qu'il faudra qu'il fasse ces preuves avant de s'imposer même s'il gagne du terrain.