Non le fait d'avoir un adaptateur ne change rien, voir même arrange les choses comme chez moi.
Lorsque l'on est en Twinview il est normal d'avoir un seul écran de déclarer oktoberfest.
Voici un extrait de mon xorg.conf :
Section "Screen"
Identifier "Screen0"
Device "Device0"
Monitor "Monitor0"
DefaultDepth 24
Option "TwinView" "1"
Option "TwinViewXineramaInfoOrder" "CRT-0"
Option "metamodes" "CRT-0: 1280x1024_85 +0+0, CRT-1: 1920x1080_60 +1280+0"
SubSection "Display"
Depth 24
EndSubSection
EndSection
Le problème à l'air de venir du fait que tu as laissé le auto-select.
Mais toi en root avec su - et lance nvidia-setting. Définie le premier moniteur en moniteur primaire.
Clique sur le second moniteur est définie lui la résolution et la fréquence de rafraichissement. Ne pas oublier de faire un Apply. Enregistrer le tout dans ton xorg.conf. Sortir puis exit.
Refaire la méthode avec ton compte habituel, normalement non seulement il se mettra correctement mais aussi au prochain redemarrage il devrait garder les paramètres.
Si ça ne fonctionne pas au pire tu peux éditer ton xorg.conf à la main en prenant exemple sur le mien et en mettant la résolution voulue (crt-0 mon 1er moniteur, crt-1 le second).