[R] Pas de fenêtre pour R Commander (en attente)

Applications, problèmes de configuration réseau
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Lunatic
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[R] Pas de fenêtre pour R Commander (en attente)

Message par Lunatic »

Bonjour,

Je ne sais pas si certains ici utilisent le logiciel R, mais j'ai un petit soucis avec. Je tente de lancer R Commander qui est correctement installé (enfin je suppose) mais n'obtient rien. Voici la sortie :

Code : Tout sélectionner

> library(Rcmdr)
Le chargement a nécessité le package : tcltk
Chargement de Tcl/Tk... terminé
Le chargement a nécessité le package : car
Le chargement a nécessité le package : MASS
Le chargement a nécessité le package : nnet
Le chargement a nécessité le package : survival
Le chargement a nécessité le package : splines
> 
Y'a pas de message d'erreur visiblement…

Si quelqu’un a une idée…
Dernière modification par Lunatic le lun. 11 avr. 2011, 19:36, modifié 1 fois.
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FoolEcho
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Re: [R] Pas de fenêtre pour R Commander (en cours)

Message par FoolEcho »

Tu as suivi le wiki ? (bon d'accord, y a pas grand-chose à faire)
https://wiki.archlinux.org/index.php/R# ... ntend_to_R

Ceci dit, j'ai vu défiler quelques erreurs à la compilation lors de la première commande qui rapatrie les bibliothèques, sur des dépendances non disponibles... bien que ça soit allé au bout... et normalement tu as un ~/R pour tout ça.

Bref, j'ai bien une interface graphique en sortie, avec un message disant qu'il me manquait des dépendances quand même (mais si je passe, j'ai bien une interface graphique derrière)... Peut-être par rapport à l'installation, il te manque certaines choses (j'ai pris le second site: Lyon1) ? :|
«The following statement is not true. The previous statement is true.» :nage:
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Lunatic
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Re: [R] Pas de fenêtre pour R Commander (en cours)

Message par Lunatic »

Je choisis aussi Lyon1.

Concernant le wiki, comme tu l'as remarqué, il ne m'est d'aucune aide sur ce coup.

Je tente actuellement de réinstaller Rcmdr et j'obtiens effectivement des erreurs (je ne pensais pas qu'un paquet était installé si des erreurs sur ses dépendances empêchaient l'installation de celles-ci… :roll: )

Ainsi :

Code : Tout sélectionner

* installing *source* package ‘Rmpi’ ...
checking for gcc... gcc -std=gnu99
checking for C compiler default output file name... a.out
(…)
checking for unistd.h... yes
checking mpi.h usability... no
checking mpi.h presence... no
checking for mpi.h... no
configure: error: "Cannot find mpi.h header file"
ERROR: configuration failed for package ‘Rmpi’
* removing ‘/home/julien/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.12/Rmpi’

* installing *source* package ‘rpvm’ ...
checking for gcc... gcc
(…)
Check if PVM_ROOT is defined... 
no
I'll try to build rpvm but you need set PVM_ROOT
before use pvm. See pvm_intro(1PVM)

Try to guess if pvm is installed somewhere ...
 Cannot find pvm.
 If pvm is installed, set PVM_ROOT to where pvm is.
 Otherwise, please install pvm first.
ERROR: configuration failed for package ‘rpvm’
* removing ‘/home/julien/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.12/rpvm’


* installing *source* package ‘rsprng’ ...
checking for gcc... gcc
checking for C compiler default output file name... a.out
checking whether the C compiler works... yes
(…)
checking for unistd.h... yes
checking sprng.h usability... no
checking sprng.h presence... no
checking for sprng.h... no
Cannot find sprng 2.0 header file.
ERROR: configuration failed for package ‘rsprng’

C'est encore en cours d'installation…

Edit : voilà, installation finie. Y'a plus d'erreurs encore, bizarre que je ne l'ai remarqué la première fois :

Code : Tout sélectionner

1: In install.packages("Rcmdr", dependencies = TRUE) :
  l'installation du package 'Rmpi' a eu un statut de sortie non nul
2: In install.packages("Rcmdr", dependencies = TRUE) :
  l'installation du package 'rpvm' a eu un statut de sortie non nul
3: In install.packages("Rcmdr", dependencies = TRUE) :
  l'installation du package 'rsprng' a eu un statut de sortie non nul
4: In install.packages("Rcmdr", dependencies = TRUE) :
  l'installation du package 'rgdal' a eu un statut de sortie non nul
5: In install.packages("Rcmdr", dependencies = TRUE) :
  l'installation du package 'rgeos' a eu un statut de sortie non nul
J'vais essayer de réparer tout ça maintenant…
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Lunatic
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Re: [R] Pas de fenêtre pour R Commander (en cours)

Message par Lunatic »

Bien, j'ai installé le paquet pvm (sous Arch), ça a résolu 2~3 trucs. Et j'ai l'interface de Rcmdr \o/

Problème quasi-résolu, mais c'est pas encore très propre :P

Pour rmpi, faut installer openmpi qui est dans extra. Ça, c'est ok.
Pour rgeos, installer geos. Ok aussi.

Reste le problème avec rspnrg ; sous Debian ça nécessite l'installation de libsprng2-dev, dont je n'ai trouvé d'équivalent sous Arch.
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FoolEcho
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Re: [R] Pas de fenêtre pour R Commander (en cours)

Message par FoolEcho »

http://aur.archlinux.org/packages.php?ID=37076 ? (attention, je n'ai pas vérifié)

Ceci dit, tu ne peux pas récupérer ce qui manque via R, justement, à partir des autres miroirs ? (j'avais cette possibilité sur mon premier lancement)
«The following statement is not true. The previous statement is true.» :nage:
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Re: [R] Pas de fenêtre pour R Commander (en attente)

Message par Lunatic »

Non je n'ai pas l'impression que je puisse le faire.

Merci pour le paquet. Apparemment il est pour les architectures 64 bits et là je suis en 32 bits, sur mon netbook :(

De toute façon ça ne change pas grand chose car le problème est survenu à nouveau. Il est dû en fait à l'intégration de FactoMineR dans Rcmdr, intégration qui se fait via un script situé à http://factominer.free.fr/install-facto-fr.r :

Code : Tout sélectionner

##  source("http://sensominer.free.fr/install.r")

##toto = winDialog("yesno", "Do you want to install Rcmdr?")
##if (toto=="YES"){
##  local({r <- getOption("repos"); r["CRAN"] <- "http://cran.r-project.org/"; options(repos=r)})
##  utils:::install.packages("Rcmdr",dependencies = TRUE)
##}
install.packages("Rcmdr",dependencies = TRUE)
chemin = paste(.find.package(package="Rcmdr")[1],"/etc",sep="")
menu = readLines(con=paste(chemin,"/Rcmdr-menus.txt",sep=""))

##Qfacto = winDialog("yesno", "Do you want to install FactoMineR?")
##if (Qfacto=="YES"){
  if (any(i <- grep("Add menu for FactoMineR" ,menu))){
    lig1 = grep("Add menu for FactoMineR",menu) 
    lig2 = grep("End add menu for FactoMineR",menu) 
    if (lig2 == length(menu)) menu = menu[1:(lig1-1)]
    else menu = menu[c(1:(lig1-1),(lig2+1):length(menu))]
  }
##  utils:::install.packages("FactoMineR",dependencies = TRUE)
install.packages("FactoMineR",dependencies = TRUE)
  add.menu.facto = readLines("http://factominer.free.fr/add-menu-facto-fr.txt")
  facto = readLines("http://factominer.free.fr/Rcmdr-facto-fr.r")
  writeLines(facto,con=paste(chemin,"/Rcmdr-facto-fr.r",sep=""))
  menu = c(menu,add.menu.facto)
##}

writeLines(menu,con=paste(chemin,"/Rcmdr-menus.txt",sep=""))
library(Rcmdr)
Même si le code est relativement compréhensible pour le néophyte que je suis, je ne me sens pas capable de dépister le problème.

Je vais sans doute contacter les auteurs et place ce sujet en attente.

Merci en tout cas pour ton aide !
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Re: [R] Pas de fenêtre pour R Commander (en attente)

Message par FoolEcho »

Lunatic a écrit :Merci pour le paquet. Apparemment il est pour les architectures 64 bits et là je suis en 32 bits, sur mon netbook :(
Il intègre les deux d'après le PKGBUILD... mais bon, je n'ai pas vérifié plus que ça.
Lunatic a écrit :Je vais sans doute contacter les auteurs et place ce sujet en attente.
C'est sans doute le mieux. :chinois:
«The following statement is not true. The previous statement is true.» :nage:
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Re: [R] Pas de fenêtre pour R Commander (en attente)

Message par Lunatic »

Ah oui en effet, y'a une erreur dans le pkgbuild (une virgule qui ne devrait être là).
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