C'est ce à quoi je pensais mais je n'en trouve trace dans Evince.
Les seuls logiciels avec lesquels j'ai déjà pu annoter sont Xournal, qui n'est plus installé, Okular, et Mendeley Desktop. Seulement cela m'étonne qu'ils interagissent avec Nautilus.
Hum bizarre, l'icône a disparu après que le fichier soit renommé par Zotfile (une extension pour Zotero permettant de renommer les fichiers en fonction des méta-données).
Je reste très curieux de savoir de quoi il s'agissait…