Travailler sur copie (à plus forte raison sur des données persos), toujours...
Comme kmail et kmail2 ne travaillent pas à priori sur les mêmes répertoires, as-tu vérifié le contenu de ~/.kde4/share/apps/kmail ? Il te serait alors possible de repartir de là (enfin, d'une copie...), éventuellement en rasant kmail2 (tu aurais forcément quelques pertes sur les mails récents, mais c'est un moindre mal...).
Pour ton problème, je mentionnais donc ce bug:
https://bugs.kde.org/show_bug.cgi?id=276893 (ceci dit, je crois me rappeler avoir eu un souci similaire... mais je ne suis pas sûr pour la résolution: dans kmail2 > clic droit sur les dossiers locaux > propriétés des dossiers > récupération et j'avais coché «utiliser les options du dossier parent du compte» m'avait résolu le problème ... sauf que pour vérifier, j'avais recoché l'autre mais le comportement était resté bon... donc pas tout compris: pas de mise à jour et touché à rien d'autres

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